Los hechos se desarrollan en Den City, ahi se encuentra una compañía que desarrolla sistemas de red (SOL Techonology). Uno de ellos es LINK VRAINS, se trata de un espacio de realidad virtual en donde se desarrollan los duelos. Un grupo de piratas informáticos conocidos como los Hanoi Knights buscan el mundo de AI: Cyverse, que se encuentra en alguna parte de la red. Las intenciones de los piratas son detenidas por un usuario conocido como Playmaker, quien los derrota y se vuelve famoso en este ambiente. La verdadera identidad de Playmaker es Yūsaku Fujiki, un estudiante de secundaria que pasa mucho tiempo en este universo buscando descubrir la verdad sobre un evento del pasado.