La historia empieza cuando una localidad es aniquilada. Solo quedan dos supervivientes: Yuki, una muchacha; y Takuya, un contrabandista solitario. Utilizando un mensaje dejado por el padre de Yuki, los dos avanzan por la localidad, en este momento llamada Lost. Sin embargo, obstáculos inesperados se interponen en su sendero. Los pensamientos de los desaparecidos, misteriosas organizaciones y conspiraciones escondidas esperan a Yuki y Takuya mientras se adentran en el secreto de la región.